По версии следствия из средств, выделенных на развитие учебного заведения, было похищено 70 миллионов рублей. Если верить бухгалтерской документации, эти средства ушли на строительство информационного центра и дополнительных аудиторий, чего на самом деле не было. Следователи утверждают, что Владимиру Дубовику было известно, что в действительности строительные работы не проводились, тогда как перечисленные средства ушли по назначению строительной организации. Виновным может грозить лишение свободы сроком до 10 лет.
В декабре 2003 года Владимир Дубовик избран депутатом IV созыва Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации от Мичуринского 42-ого избирательного округа Тамбовской области (от партии «Единая Россия»). Был членом Комитета Государственной Думы по аграрным вопросам, а также межпарламентской группы «ГЛОБЕ-Россия» — ассоциированного члена Всемирной организации законодателей, участвующих в деятельности по обеспечению устойчивого развития окружающей среды. 21 мая 2008 года избран ректором Российского государственного аграрного заочного университета. В последнее время возглавлял Российский аграрный заочный университет.
